Les premières fouilles sérieuses du site et la découverte des camps militaires de César remontent au règne de Napoléon III.
En prévision de la venue de l’Empereur, de premières fouilles sont menées par l’agent Aucler qui découvrira la « villa » qui porte son nom.
Par la suite, Eugène Stoffel mène des fouilles commanditées par Napoléon III. Il découvre notamment les deux camps romains aux pieds du plateau de Gergovie et des traces de la fortification gauloise. En 1862, Napoléon III se rend sur le Plateau de Gergovie. C’est à cette occasion que le village de Merdogne devient le village de Gergovie.
Mais c’est aussi le début de la mise en valeur de Gergovie, comme symbole de l’histoire nationale, qui mènera, en 1900, à la l’édification du monument à la gloire de Vercingétorix, symbole actuel du plateau.